Une balade sur le blog et à travers FAH

Dans un précédent article intitulé Leçon de vie d'un jeune plieur passionné, j'ai exprimé ce que le projet m'avait apporté et appris. Et comme le partage fait partie de ces valeurs que le projet vehicule, j'aimerais, à travers ce blog, vous faire part de mon expérience avec mon regard de plieur débutant mais le recul et l'expérience du plieur passionné.

Prêt pour la balade ? Alors c'est parti

• Je voudrais tout d'abord attirer votre attention sur quelque chose d'important, ce sont les règles du jeu, elles sont au nombre de deux et pas trés compliquées :
- la première est une interdiction, aïe ça commence mal

mais non, car il est normal et légitime de ne pas tenter de modifier le programme, et cela pour une bonne raison, la fiabilité et l'intégrité des résultats, ce qui est très important puisque c'est le coeur du projet. Cela ne veut pas dire que si vous décelez un problème quelconque ou avez des suggestions, il ne faut rien dire. Si vous êtes bon en Anglais, vous pouvez vous signaler sur le forum support officiel, ou bien sur le forum de l'Alliance Francophone où notre toTOW national fera remonter l'info car il est "Super Moderator" à Stanford, rien que ça

- la seconde est une interdiction, encoooore une

mais il est également normal qu'il ne faut pas installer les logiciels du projet a l'insu du propriétaire d'une machine, c'est-à-dire sans son consentement expres. En effet celui nuirait a l'image du projet. Je vais vous dire, il vaut mieux essayer de le convaincre de rejoindre le projet, que de lui cacher la présence de nos logiciels, d'une part parce que la loi l'interdit et, d'autres part, imaginez sa réaction s'il le découvre, il ne voudra peut-être même pas entendre ce que vous voulez lui expliquer, même si c'est pour la bonne cause. Parler du projet à une personne, même si elle n'y participe pas par la suite, peut avoir des conséquences inattendues, par exemple elle pourrait en parler et en bien.

Donc, deux règles fondamentales qui cimentent l'image du projet et qui font de Folding@home un projet reconnu pour son sérieux, sa rigueur, son travail et ses résultats. De la deuxième règle découle la promotion du projet que font les plieurs : blogs, tutos explicatifs, forums d'entre-aide, sites de stats et même sites Web dédiés à l'actualité sur le projet.

• J'aimerais maintenant vous parler des résultats du projet, c'est-à-dire savoir ce que vont devenir les petites protéines que vous allez plier. Pourquoi parler maintenant des résultats, avant donc de savoir comment les produire ? Tout simplement parce que c'est une belle démonstration de la philosophie du projet. En effet, les résultats de nos calculs amènent en premier lieu à des publications, comme celle pour le virus de la grippe H1N1. Ces publications sont ensuite rapidement mises en ligne sur la toile et les simulations et données brutes, qui ne sont soumises à aucun brevet, sont mises à disposition des chercheurs et laboratoires du monde entier, et cela gratuitement.

Je vous embête un peu avec toute cette partie sur l'éthique et la philosophie, mais c'est celle que je trouve la plus intéressante, car ces chercheurs, même s'ils touchent un salaire, faut bien subsister, se dévouent particulièrement pour faire avancer la science et aider à trouver des remèdes, pour un jour pouvoir combattre certaines maladies telles Alzheimer, Parkinson, Creutzfeldt-Jakob, Huntington, cancers, etc. Dans une société où on s'étonne que quelqu'un vous aide et où chacun reste un peu dans son coin, je pense qu'il est bon de rappeler l'engagement humain de ces personnes qui prennent beaucoup sur leur temps personnel.

• Nous allons voir maintenant une partie beaucoup plus amusante, le client, ce petit logiciel que l'on installe sur son ordinateur, ou devrais-je dire les clients, eh oui, ce serait trop simple s'il n'y en avait qu'un et Stanford a tendance a vouloir faire compliqué quand on peut faire simple, ce qui a obligé une communauté dévouée et diversifiée à créer d'innombrables tutos pour vous aider à vous dépatouiller.

Bien, commençons simplement, il existe des clients pour CPU (le fameux processeur) et pour GPU (la carte vidéo quoi), jusque là tout va bien ? Ces clients peuvent tourner sous plusieurs OS (Windows, Linux, MAC OS...), ensuite il faut différencier les clients "classiques" (CPU seulement) des clients "haute performance" (CPU et GPU), vous suivez toujours ? Bien, car il existe, ne vous en faites pas, c'est la dernière, deux catégories de clients, les clients "graphiques" (system tray) et les clients "console", vous savez cette fenêtre avec un fond noir et un trait qui clignote, tout droit sortie des années 80, en apparence, car ces clients console se révèlent plus stables, efficaces et transparents que les clients graphiques.

Il existe pourtant une exception, le client PS3 qui, quant à lui, est directement intégré a la console. Ce qu'il y a de bien avec cette zolie boîte noire, c'est qu'elle peut folder la nuit, dans une chambre, on ne l'entend quasiment pas et on finit même par l'oublier complètement.

• Maintenant que les présentations sont faites nous allons pouvoir entrer un peu plus dans le détail.

- Le client classique monocore est un client pour CPU qui fonctionne sur un seul core (possible d'en faire tourner plusieurs sur un processeur multi-core), il travaille particulièrement sur les projets de fonds de folding, comme par exemple la maladie d'Alzheimer. Il dispose de deadline longue (le déjai peut aller jusqu'à plus de 90 jours) et est donc peu contraignant. Les tutoriels ont été réalisés, pour la console et pour le graphique. Notons quand même que si la version graphique est plus conviviale et présente même une jolie protéine en cours de simulation, ça ralentit pas mal les calculs quand on ouvre le visualiseur et en plus avec une certaine instabilité. La version console existe aussi pour Linux et c'est la même que pour le client SMP... enfin un client unifié.

- Le client SMP (symmetric multiprocessing) est lui aussi un client pour CPU, mais à la différence du monocore, il utilise tous les cores de votre processeur, ce qui le rend terriblement efficace. C'est un client haute performance, les deadlines sont donc beaucoup plus courtes (en général 3 mais pouvant aller jusqu'à 6 jours) et il nécessite une surveillance régulière.

Ces clients dits "haute performance" travaillent sur des projets à plus court terme et plus urgents, comme la grippe. Les SMP pour windows version MPICH et version Deino ne présentent pratiquement aucune différence, c'est du MPI, il n'y a que l'emballage qui change et on attend un SMP2 qui devrait être bien plus efficace et productif. Egalement deux SMP Linux se cotoient, la version 6.02 et la version 6.24.

- Le client GPU pour les cartes graphiques est lui aussi un client haute performance, deadlines courtes et surveillance accrue sont de la partie. Comme l'indique le nom de ce client, il met a contribution la formidable puissance de calcul de votre carte graphique. Il peut traiter plusieurs unités par jour. Ce qu'il y a de bien avec ce client, c'est qu'il permet de transformer vos cartes ATI en avion a réaction

ça ne la fera pas travailler plus vite en revanche, enfin bon c'est supportable tout de même. Comme pour la carte ATI, la carte nVidia peut également plier mais à condition, pour toutes les deux, d'être dans les bonnes séries.

Ce client GPU n'existe pas sous linux, il est reservé à windows, en console et en graphique mais il y une bidouille, pour les cartes Nvidia seulement, pour la faire tourner sous Linux, suivez le guide ! Je vous conseille de vous familiariser avec Linux avant d'attaquer directement le GPU sous nux, en effet pas mal de commandes de base sont utilisées, dans un terminal, et c'est toujours mieux de comprendre ce que l'on fait.

- Que nous reste t-il ? Ah oui ! Le client le plus simple à mettre en œuvre, rien à installer, à trafiquer, juste à configurer. Il s'agit bien sûr, vous l'aurez deviné ......du client PS3. C'est beau, le client marche sans bug whoupi.

• Il est maintenant temps de vous parler d'une chose également importante : les "points".
Qu'est que c'est encore que cette bestiole là ? "Tu trouves pas qu'il y en a déjà assez comme ca ?"

Ben non, car c'est tout de même une partie très gratifiante. Je ne vais pas vous faire attendre plus longtemps : chaque unité calculée et renvoyée à Stanford dans les délais rapporte des points au plieur. Ils varient en fonction du type de client et de l'unité, je ne vais pas vous dire quel client rapporte le plus car vous risqueriez de faire des bêtises, vous le découvrirez assez vite si vous trainez sur le forum de l'AF ou celui de votre team. D'ailleurs, les clients doivent être en adéquation avec votre machine et pas l'inverse, à moins d'acheter et configurer une machine exprès pour un client donné, il y en a qui le font...

Et qui dit points, dit stats. Effectivement, il y a des statistiques, et même des certificats quand vous franchissez une étape importante. Ce système a été mis en place par stanford pour créer une concurrence amicale entre teams et users (membres d'une team). Les chiffres sont disponibles à partir du site officiel et repris et réorganisés en listes et tableaux par des sites privés bénévoles. Allez donc voir dans la catégorie Infos et Stats en continu !

• Il existe une team, la team 51, (non, non, rien a voir avec une célèbre boisson jaune

), qui se nomme l'Alliance Francophone, elle regroupe un certain nombre de plieurs de langue française et se compose de nombreuses mini-teams. Tout ce petit monde, dans une concurrence amicale, quoique beaucoup de plieurs veuillent faire la peau au serpent, titulaire de ce blog et premier producteur de l'Alliance. Et toute cette communauté se retrouve sur le Forum de l'Alliance Francophone pour discuter du projet, des clients et de n'importe quoi d'autres.

Si vous nous rejoignez, n'hésitez à pas à vous présenter, vous serez toujours bien accueilli, et un pépin avec un client sera vite réglé par nos spécialistes qui vous répondront toujours.

• Tout cela pour dire que le projet est porté par des gens passionnés qui font tout pour le promouvoir, comme Cobra qui a créé ce blog, ou bien encore la team Folding@Donf qui a créé un site web, FAH-Addict, pour toutes les news concernant le projet et ce qui s'y rapproche. FAH-Addict a même pris récemment une dimension internationale. Sans oublier les Forums de toutes les mini-teams qui fournissent aide, support et promeuvent le projet.

Le tour s'achève ici, j'espère que la balade vous a plu et vous a intéressé au projet, en partageant mon expérience à travers le regard du néophyte que j'étais il y de ça à peine 1 an.

N'hésitez pas à parler du projet autour de vous, car tous ensemble nous pouvons aider à comprendre les maladies et peut-être un jour les guérir. Pour plus d'information sur des sujets plus spécifiques, je vous invite a vous balader sur le blog, ou à demander sur le forum de l'AF ou celui sur lequel vous avez l'habitude d'aller, je suis à peu près certain qu'il doit y avoir une mini-team Folding@home.

Bon pliage aux anciens et bonne découverte aux nouveaux

Par Sun Fact

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