J'ai toujours voulu savoir à quoi correspondent les projets sur lesquels travaillent nos ordinateurs et surtout essayer de comprendre leur importance. C'est ainsi, je pense, que l'on peut mieux apprécier notre utilité pour le projet Folding@home. J'ai rescencé ces projets à partir du tableau officiel des Projets en cours et les informations données dans l'onglet "Description", lorsqu'elles sont disponibles. J'ai fait la traduction en essayant de coller au plus près du texte original. Et j'ai annoté cette traduction en y mettant une illustration, les définitions et explications avec liens et une note perso, aussi souvent qu'il m'a été possible de le faire.

• Propriétés des enzymes... fonctions modifiées... Alzheimer
p1741_BCHE_NAT_300_03-33
p1751_ACHE_NAT_300_03-33

• Environnement chimique dans le canal de translocation des protéines
p2466_Translocon_channel_no_frags_Thanks4Folding!
p2483_system
p2484_Lysine_Fragment
p2485_Arginine_Fragment

p2494_system

p2495_system
p2498_Translocon_GLX2
p2499_Translocon_ALX2

• Repliement d'un peptide... description feuillets bêta
p2569_p2557_dpdpII_amber99

• Test pour comparaison de résultats sur BBA5
p2570_p2568:BBA5-amberGS-ddsig

• Manière dont les virus infectent les cellules
P2610
p2611_POPE
p2612_tet_new
p2613_TETHERED VESICLES
p2615_Protein
p2620_p1475_tet1_03_1 t= 20000.00000
p2633_CGVES
p2651_Protein in POPC
p2653_Protein in POPC

• Manière dont le virus influenza reconnaît et infecte les cellules
p2662_IBX in water
p2665_IBX in water
p2669_IBX in water
p2670_IBX in water
p2671_IBX in water
p2672_IBX in water
p2673_IBX in water
p2674_IBX in water
p2675_IBX in water
p2676_IBX in water
p2677_IBX in water

• Manière dont le virus influenza reconnaît et infecte les cellules - Projets BigAdv
p2681
p2682
p2683
p2684_SINGLE VESICLE in water
p2685_SINGLE VESICLE in water
p2686_SINGLE VESICLE in water
p2692_Generated by trjconv : SINGLE VESICLE in water


•
p2935_p4715_supervillin_e1 (Stanford n'a pas fait de description)

• Complément de simulations de la "Villin headpiece" dans différentes conditions de solvants
p3043_p3029_SMP-emsv-03

• Les intermédiaires de la transduction du signal protéine-protéine
p3044_Human Hpin1 mutant 4
p3045_FORMIN BINDING PROTEIN
p3046_human_hpin1_m1_99p
p3047_Human Hpin1 mutant 4 373K
p3048_FORMIN BINDING PROTEIN_373K
p3049_human_hpin1_m1_99p_373K

• Tests de validation des prédictions obtenues avec le projet 3036
p3050_SMP-svE4A-03
p3051_SMP-svV9A-03
p3052_SMP-sv3way-03

• Projets traitant des protéines connues pour se replier très rapidement
p3060_BBA5_1
p3062_lambda5_99sb
p3064_lambda5_2003
p3065_lambda5_99sb_big

• Modèle de solvant plus avancé pour la "Villin headpiece Subdomain"
p3191_supervillin_StillGBSA_AM03_e1
p3192_supervillin_StillGBSA_AM03_e2
p3193_N68H_StillGBSA_AM03_e1
p3195_supervillin_StillGBSA_AM99sb_e1
p3196_p3192_supervillin_StillGBSA_AM03_e2

• Trois peptides d'essai pour évaluer de nouveaux modèles de champ de force
p3445_Fs_ext
p3446_Fs_ext
p3447_ProG_hpin
p3448_ProG_hpin
p3449_Ubq_hpin
p3450_Ubq_hpin

• Trois peptides d'essai pour évaluer de nouveaux modèles de champs de force (suite)
p3451_Fs_ext
p3452_Fs_ext
p3453_Fs_ext
p3454_Fs_ext
p3455_ProG_hpin
p3456_ProG_hpin
p3457_Ubq_hpin
p3458_Ubq_hpin

• Trois peptides d'essai avec des champs de force de dernière génération
p3459_Fs_peptide
p3460_Fs_peptide
p3461_ProG_hpin
p3462_ProG_hpin
p3463_Ubq_hpin
p3464_Ubq_hpin

• La reprise d'un peptide d'essai avec des paramètres légèrement différents
p3465_Fs_peptide
p3466_Fs_peptide
p3467_Fs_peptide
p3468_Fs_peptide

• Simulations sur GPU pour tester des paramètres optimaux GB et valider les résultats PS3
p3469
p3470

• Manière dont le virus influenza reconnaît et infecte les cellules
p3903
p3905

• Etude de la "Villin headpiece Subdomain" dans un modèle GB particulier jamais tenté
p4000_supervillin_StillGBSA_AM03_e1
p4001_supervillin_StillGBSA_AM03_e2
p4004_supervillin_StillGBSA_AM99sb_e1
p4005_p3192_supervillin_StillGBSA_AM03_e2
p4006_N68H_StillGBSA_AM99sb_e1
p4007_p3194_N68H_StillGBSA_AM03_e2
p4008_supervillin_StillGBSA_AM03_e1
p4009_N68H_StillGBSA_AM03_e2
p4010_supervillin_2xStillGBSA_AM03_e1
p4011_supervillin_2xStillGBSA_AM99sb_e1
p4012_supervillin_Still_novisc
p4013_supervillin_Still_novisc
p4014_supervillin_StillGBSA_AM03_e1
p4016_supervillin_StillGBSA_AM03_bondi
p4017_supervillin_StillGBSA_AM03_bondi
p4018_supervillin_StillGBSA_AM03_mbondi
p4019_supervillin_StillGBSA_AM03_mbondi
p4020_supervillin_StillGBSA_AM03_mbondi2
p4021_supervillin_StillGBSA_AM03_mbondi2
p4044_supervillin_StillGBSA_AM03
p4045_supervillin_StillGBSA_AM03
p4046_supervillin_StillGBSA_AM03
p4047_supervillin_StillGBSA_AM03

• Etude des fonctions complexes des molécules de l'ARN, autres que le rôle de messager
p4438_Seq41_Amber03
p4439_Seq41_Amber03
p4440_Seq42_Amber03
p4441_Seq42_Amber03
p4442_Seq43_Amber03
p4443_Seq43_Amber03
p4445_Seq44_Amber03
p4446_Seq45_Amber03
p4447_Seq45_Amber03
p4448_Seq46_Amber03
p4449_Seq46_Amber03
p4450_Seq47_Amber03
p4451_Seq47_Amber03
p4452_Seq48_Amber03
p4453_Seq48_Amber03
p4454_Seq49_Amber03
p4455_Seq49_Amber03
p4456_Seq50_Amber03
p4457_Seq50_Amber03
p4458_Seq51_Amber03
p4459_Seq51_Amber03
p4460_Seq52_Amber03
p4461_Seq52_Amber03
p4462_Seq53_Amber03
p4463_Seq53_Amber03

• Projets à bonus (urgence et haute valeur scientifique) en collaboration avec "Dill Lab"
p4600_T0_proA-16_minout
p4601_T0_proA-12_minout
p4602_T0_NTL9-8_minout
p4603_T0_ww-16_minout
p4604_T0_ww-12_minout
p4605_T0_proA-8_minout
p4606_T0_proG-8_minout
p4607_T0_PSBD-12_minout
p4608_T0_PSBD-16_minout
p4609_T0_proL-8_minout
p4610_T0_POB-8_minout
p4611_T0_villin-8_minout
p4612_T0_POB-16_minout
p4613_T0_BBL-8_minout
p4614_T0_POB-12_minout
p4615_T0_BBL-16_minout
p4616_T0_BBL-12_minout
p4617_T0_villin-16_minout
p4624_T0499-12_minout
p4625_T0499-8_minout
p4626_T0499-16_minout

• Trois molécules pour tester le core ATI GPU2 et valider les résultats déjà publiés
p4715_supervillin_e1
p4724_fip35_ww_domain
p4729_p4709_fip35_ww_domain
p4730_supervillin_e1
p4732_fip35_ww_domain
p4735_p4709_fip35_ww_domain
p4736_fip35_ww_domain
p4741_fip35_ww_domain
p4742_lam5w_300K
p4743_lam5w_300K
p4744_lam5w_300K
p4751_p5508_lam5w_300K
p4752_p5508_lam5w_300K
p4753_p5508_lam5w_300K
p4754_p5508_lam5w_300K
p4755_p5508_lam5w_300K
p4756_p5508_lam5w_300K

• Pour mieux comprendre le processus des commutateurs protéiques
p5101_Calmodulin CMF
p5102_Calmodulin in water
p5113_Calmodulin
p5114_Calmodulin

•
p5651_p5600_Calmodulin (Stanford n'a pas fait de description)

• Deux séries de simulations de dépliement en une : ACBP et protéine L
p5732_ACBP_ff03_300K
p5733_ACBP_ff03_330K
p5734_ACBP_ff03_370K
p5735_ACBP_ff03_450K
p5736_ACBP_ff96_300K
p5737_ACBP_ff96_330K
p5738_ACBP_ff96_370K
p5739_ACBP_ff96_450K
p5740_proL_ff03_300K
p5741_proL_ff03_330K
p5742_proL_ff03_370K
p5743_proL_ff03_450K
p5744_proL_ff96_300K
p5745_proL_ff96_330K
p5746_proL_ff96_370K
p5747_proL_ff96_450K

• Simulations de dépliement et repliement de la protéine L
p5760_proL_ff96_300K
p5761_proL_ff96_330K
p5762_proL_ff96_370K
p5763_proL_ff96_450K

• Etude de la petite protéine alpha/bêta NTL9
p5765_NTL9_300K
p5766_NTL9_330K
p5767_NTL9_370K
p5768_NTL9_450K
p5769_NTL9_300K
p5770_NTL9_330K
p5771_NTL9_370K
p5772_NTL9_450K

• Simulations de plusieurs protéines de synthèse en vue de concevoir de nouveaux outils
p5781
p5782
p5783
p5784
p5785
p5786

• Deux séries de simulations : protéine drkN et mutant T22G
p5787_drkN_300K
p5788_drkN_330K
p5789_drkN_350K
p5790_drkN_370K
p5791_drkN_400K
p5792_drkN_450K
p5793_drkN_T22G_300K
p5794_drkN_T22G_330K
p5795_drkN_T22G_350K
p5796_drkN_T22G_370K
p5797_drkN_T22G_400K
p5798_drkN_T22G_450K

• Markov State Model : un échantillonnage pour l'intégralité de la protéine NTL9

p5799

• Encore de la protéine L
p5900_proL_ff03_450K
p5902_proL_ff96_300K
p5903_proL_ff96_300K
p5904_proL_ff96_300K

p5905_proL_ff96_300K (Stanford n'a pas fait de description)
p5906_proL_ff03_450K (Stanford n'a pas fait de description)
p5910_proL_ff03_450K (Stanford n'a pas fait de description)
p5911_proL_ff96_300K (Stanford n'a pas fait de description)

• Toujours de la protéine L
p5912_proL_ff96_300K
p5913_proL_ff96_300K
p5914_proL_ff96_300K
p5915_proL_ff96_300K

•
p6004_VILLIN (Stanford n'a pas fait de description)

• Simulations SMP traitées une nouvelle fois pour valider le core A3 du nouveau client SMP2
p6011_IBX in water
p6012_hafp3
p6013_IBX in water
p6014_Protein in POPC
p6015_Protein in POPC
p6020_Protein in POPC
p6021_Protein in POPC
p6023_Protein in POPC
p6024_Protein in POPC
p6025_Protein in POPC

• Simulations pour tester une nouvelle méthode d'échantillonnage (MSFP)
p6313_sh3_with_ALA_frags
p6314_sh3_with_ALA_frags
p6315_sh3_with_ALA_frags
p6316_sh3_with_ALA_frags

• Extension des projets 6313-6316
p6318

• Projets en vue de compléter une publication d'Eric Sorin (2005), avec des outils actualisés
p6319
p6320
p6321
p6322
p6323
p6324
p6325
p6326

•
p6327

• Complément de la série p6319-6326
p6328
p6329
p6330
p6331

• Collaboration sur l'Ubiquitine avec l'Université de Californie, San Francisco
p6501_ubiquitin_predict

• Collaboration avec l'Université de Californie, San Francisco, sur un sujet du CASP8
p6502_TR462_A_predict
p6503_TR462_B_predict

• Collaboration sur la Calmoduline avec l'Université de Californie, San Francisco
p6505_1CFC_A_predict

• Collaboration avec l'Université de Californie, San Francisco, sur un sujet du CAPS9
p6500_TR538_predict

• Calmoduline et Protéine G en collaboration avec l'UCSF
p6507_1CFC_B_predict
p6508_proG_predict

• Simulations GPU de la protéine "cold-shock" CspTm et notion pour la compréhension du FRET

p6600_CspTm_300K

p6601_CspTm_300K

p6602_CspTm_300K

p6603_CspTm_300K

p6604_CspTm_300K

p6605_CspTm_300K

p6606_CspTm_300K

• Le nouveau core Protomol en action
p10000
p10001
p10002
p10003
p10004
p10005
p10006
p10007
p10008
p10009

• Le GPU nVidia succède au GPU ATI pour l'étude du repliement du répresseur Lamda
p10101
p10102
p10103
p10104
p10105
p10106
p10107
p10108

• GPU2 étudie le repliement de l'Ubiquitine et le mécanisme de dégradation des protéines
p10109

• Diversité structurelle de 11 protéines de liaison du calcium avec 5 champs de force
p10300
p10301
p10303
p10304
p10305
p10306
p10307
p10308

• Simulations GPU de l'intégralité de la NTL9, par "ensemencement" des macro-états du MSM
p10501

p10502
p10503
p10504

p10506_ntl9-1-56-native

• Simulations GPU de fragments de la protéine répresseur Lambda
p10505

• Simulations GPU de l'intégralité de la NTL9, par "ensemencement" des macro-états du MSM
p10510_ntl9(1-56)_WT_300K
p10511_ntl9(1-56)_WT
p10512_ntl9(1-56)_WT
p10513_ntl9(1-56)_WT
p10514_ntl9(1-56)_WT
p10515_ntl9(1-56)_WT
p10516_ntl9(1-56)_WT

• Simulations pour tester un nouveau client GPU (GPU3) ainsi que son noyau spécifique
p10626 OPENMMGMX_test
p10627 OPENMMGMX_test
p10628 OPENMMGMX_test
p10629 OPENMMGMX_test
p10630 OPENMMGMX_test
p10631 OPENMMGMX_test
p10632 OPENMMGMX_test
p10633 OPENMMGMX_test

• Simulations GPU3 du peptide bêta-amyloïde lié à la maladie d'Alzheimer
p11153 Ab42gb
p11154 Ab42M1gb
p11155 Ab42M2gb
p11156 Ab42M3gb
p11157 Ab42M4gb
p11158 Ab40gb

p11160 Ab42gb

• Simulations GPU3 (cartes non-Fermi) du peptide bêta-amyloïde lié à la maladie d'Alzheimer
p11161 Ab42gb
p11162 Ab42M1gb
p11163 Ab42M2gb
p11164 Ab42M3gb
p11165 Ab42M4gb
p11166 Ab40gb
p11167 Ab42_dPro_gb