Les projets de la série 3000 à 3099 concernent les clients SMP, traitant principalement des protéines connues pour se replier très rapidement (sur approximativement des échelles de temps de la microseconde). Cela inclut la "Villin headpiece", le peptide BBA5 et le monomère du répresseur lambda.

Le projet 3064 (1753 points - 3,6 jours) étudie le répresseur lambda dans le champ de force AMBER2003.

Client : SMP
Nombre d'atomes : 21521
Preferred deadline : 43 heures (1,8 jours)
Final deadline : 86 heures (3,6 jours)
Points : 1753




Note de Cobra : AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) est une suite de logiciels qui fournit un ensemble de programmes d'application de champs de force à des simulations de molécules/macromolécules. Pour utiliser le champ de force AMBER, il est nécessaire d'avoir des valeurs pour les paramètres du champ de force. Il existe bien évidemment un grand nombre de jeux de paramètres, répertoriés par noms, pour les différents types de molécules. Quant aux paramètres des peptides, protéines et acides nucléiques qui nous concernent, les noms des jeux de paramètres contiennent les deux derniers chiffres d'une année, d'où AMBER2003, paramètres de base de champ de force utilisés pour notre étude.


Définitions et Explications

- Monomère : en chimie, c'est la molécule servant d'unité de base qui, en se combinant, forme le motif constitutif d'un polymère.
- Protéine répresseur : protéine qui se lie aux séquences régulatrices de l'ADN (ou de l'ARN) et qui bloque ainsi respectivement la transcription ou la traduction.
- Simulation par Dynamique Moléculaire


Stanford -Texte original

The 3000-3099 series is work for SMP clients mainly dealing with proteins reported to fold very quickly (on approximately mirosecond time scales). This includes the villin headpiece, the designed peptide BBA5, and the lambda repressor monomer.

Project 3064: 1753 points, 3.6 days. Lambda repressor in the AMBER2003 force field.