Folding City


Youpiii... 6
  piéton(s) dans la ville


L'heure Stanford et partout dans le monde



Bonne année 2012 !

Maladies, cibles de nos simus

Pendant que ça plie...

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Dimanche 8 novembre 2009 - 8h50 (11h50)

Cette nuit, je scrutais donc le ciel et lorsque j'ai vu une trouée bleue... bleu-nuit à travers les gros nuages, je me suis dit que c'était le bon moment de relancer. Et j'ai bien fait, sans attendre la fin de l'alerte. Aujourd'hui, beau temps, apparemment.

Depuis longtemps, je voulais installer Google analytics sur le blog, mais les modos disais que mon niveau ne le permettait pas car il n'a pas la fonctionnalité permettant le "java script"... faut pas trop me demander ce que c'est exactement. En fait, ils ne savent pas tout, les modos, et heureusement
Je l'ai installé et il marche... et très bien en plus. Depuis 0h01 (chez moi), j'ai eu 14 visites de France et 4 de la Réunion... c'est le découpage géographique de Google, je présice.

Alors coucou la France et coucou La Réunion


Et ce qu'il y a de bien, c'est que je peux même connaître les villes d'où sont parties les visites. Alors, coucou Lille, coucou Vitrolles, coucou toutes les autres que je ne vais pas citer Je vous rassure quand même, je ne connais pas les identités.

Mais il y a une région qui ne m'a pas encore visité, c'est la Bretagne et je dirais même tout l'Ouest, en général Moi, je leur rends visite tous les jours, sur leur site

Et j'attends au moins un pays étranger 


Samedi 7 novembre 2009 - 21h10 (24h10)

Je suis en pleine bourre car en train de relancer tous les ordis que j'ai dû couper vers 13h chez moi. A chaque éclair, s'ensuivait une grosse micro-coupure et les onduleurs n'arrêtaient pas de m'angoisser avec leur bruit de basculement. Depuis hier, beaucoup de pluies et orages, etc... La vigilance orage est pour jusqu'à demain matin mais, après avoir scruté le ciel, et surtout l'invoquer , danse du scalp et tout et tout je me suis dit que la météo a dû se prendre une petite marge de sécurité, donc que je peux relancer. Ce que je suis en effet en train de faire...

En coupant, j'avais mis les "Player" en mode "suspend", donc ça va assez vite et il n'y en a plus qu'une par machine (4 cores obligent) au lieu de deux...


Vendredi 6 novembre 2009 - 20h45 (23h45)

A un moment donné, aujourd'hui, j'ai cru que j'allais devoir couper tout ce qui est électrique, à cause de la pluie, des éclairs, le grondement de l'orage et des micro-coupures. J'ai bien eu, à l'écran, l'affichette mentionnant de vraies coupures, pour les onduleurs supervisés, mais pas un ordi ne s'est éteint. Normal, les plus chargés sont maintenant sur des "on line".

En surfant, j'ai découvert une petite "animation flash" expliquant plus sérieusement le mécanisme de la "transcription". On clique sur la flèche pour avancer pas à pas. Il est préférable de sélectionner "animation complète". Je ne pense pas que ça tourne sous nux.

Les pingouins se contenteront d'une animation 3D de la molécule d'ADN, avec un joli visuel de la double hélice :



J'en ai encore en stock



Jeudi 5 novembre 2009 -20h25 (23h25)

Hier, j'ai pointé les projets en cours qui se trouvent sur ma page à moi par rapport au tableau de Stanford et je me suis aperçu que trois projets ont été rajoutés pour compléter la rubrique "Environnement chimique dans le canal de translocation" : p2483-p2484-p2485. Bon, ce ne fut qu'un travail de "pianiste" (Ctrl+C et Ctrl+V) avec quelques petits arrangements.

Par contre, j'ai traité un sujet nouveau très intéressant, que je vous laisse découvrir dans le projet 4438. Et demain, je pianoterai pour les projets similaires de la série.

Et comme, dans ma note, j'ai simplifié les mécanismes de transcription et de traduction, je mets une petite vidéo sympa :


J'espère avoir l'occasion de développer davantage ce thème fascinant.


Mercredi 4 novembre 2009 - 20h25 (23h25)

J'aurais pu spammer à mort aujourd'hui car j'ai publié 23 fiches concernant une même série mais avec des paramètres différents. La fabrication de ces fiches presque identiques m'a fait faire tellement de copier-coller (Ctrl+C / Ctrl+V) avec mes tits doigts que je suis certain maintenant que je peux devenir pianiste

Il s'agit des projets 4000 à 4047. Et pourtant les abonnés ont reçu seulement deux notifications, pour le premier et le dernier projets, tout simplement parce que j'ai enfin trouvé comment faire


Ces projets nous font encore bouffer de la "Villin headpiece Subdomain", une des plus petite protéine qui soit et qui se replie de manière ultra rapide. Et d'après le texte de Stanford, on va enfin avoir des données définitives, grâce à un modèle jamais essayé, et toute la communauté de simulation (c'est dit comme ça) devrait en rester bouche bée (ça c'est moi qui rajoute
)  Alors vivement qu'on en termine avec cette Villin headpiece... J'ai envie de gouter autre chose et je ne crois pas beaucoup m'avancer à penser que je ne dois pas être le seul.

Je blague, bien entendu, car c'est qu'on est loin d'en avoir fini, étant donné qu'on n'a pas encore vraiment commencé


Et c'est vrai, car nos processeurs CPU ou GPU sont loin d'être suffisamment puissants pour traiter tous les atomes en interaction. C'est pourquoi on fait tests après tests sur les petites protéines, afin de tenter de trouver des modèles "simplifiés" qui amèneraient, quant à la précision, sensiblement aux mêmes résultats. Et, dans ce domaine, par rapport à l'immensité de la tâche restant à accomplir, on est des petits poucets.


Mardi 3 novembre 2009 - 19h25 (22h25)

C'est la première fois depuis quatre mois que je n'ai pas fait le titi journal du matin, et ça me fait tout drôle  Mais la vie est ainsi faite...

Tout semble rentré dans l'ordre du côté de notre serveur nux défectueux. J'ai pu expédier une douzaine de wu coincées dans la file d'attente. Demain, JGP va m'afficher un bon score et cela sans big big, ni nux survitaminé

Mon outil à spams a encore frappé avec deux séries de fiches de projets en cours :
- Projets 3465 à 3468 ... toujours des tests sur PS3 avec des paramètres différents.
- Projets 3903 et 3905 ... étude sur le virus de la grippe mais cette fois-ci en client classique.

Mais le plus grand spammeur, ce n'est pas moi, celui qui spamme plus vite que son ombre devra payer 711 millions de dollars...


Lundi 2 novembre 2009 - 20h20 (23h20)

Je ne vais pas encore m'étaler sur le même sujet, mais j'ai plein de wu SMP nux bloquées... Il paraît que le serveur 171.64.65.56 est saturé par notre faute, sinon il marche bien

J'attendrai donc demain matin pour le forcer avec des -send all.

Hier, je n'ai pas mentionné que j'ai publié une série de projets 3451-3458. Et aujourd'hui, la suite de ces projets : 3459-3464. Et je ne vous gâcherai pas la surprise, en vous disant maintenant, que demain c'est la suite de la suite Et ce sont encore des tests avec des paramètres différents. Je me demande quand est-ce qu'on va vraiment commencer à travailler

Et comme prévu, l'équipe FRANCE est passée devant celle de Zebulon :


Malgré le retour du zébu Sire Olivier, qui prêtera main forte à son équipe, le podium ne sera probablement pas pour demain, du fait de ce malheureux problème de serveur qui perturbe davantage l'organisation du serpent. Mais au moins, l'écart de près de 100000 points/jour que l'on voit sera contenu, en attendant des jours meilleurs.


Lundi 2 novembre 2009 - 4h30 (7h30)

Cette nuit, on a cru que les serveurs étaient repartis comme en 40, eh ben non, c'est à nouveau kaputt. Les clients n'arrivent plus ni à envoyer ni à recevoir. et toujours pas de communicateurs Pour les plieurs initiés, pas de problème, on sait de quoi il retourne et on prend notre mal en patience  Mais Stanford ne se met pas à la place de tous les plieurs qui ne sont pas aussi aguerris et qui, à force de tourner en rond avec leur unique client, finissent par laisser tomber le projet.

Bien, je dois faire une tite annonce, oh pas bien grave et ça ne concerne pas folding ou alors indirectement.

Depuis quatre mois, j'ai assuré avec grand plaisir au moins deux éditions quotidiennes du petit journal. Mais pendant quelque temps, mes nouveaux horaires vont me causer problème pour l'édition du matin, sauf si l'actu l'exige, auquel cas, je ne pondrai qu'une ligne Il n'y aura donc plus que l'édition du soir. En plus de ce problème d'horaires, je souhaite donner la priorité aux fiches de projets en cours. Plus vite, ce sera bouclé, et plus vite, nous aurons étudié des notions que je souhaiterais rassembler, de façon analytique et synthétique, dans une série d'articles, ce qui serait certainement plus intéressant pour la compréhension global du projet.

Il n'y aura pas de changement concernant "Les Indicateurs Statistiques FAH" et "Le Petit Journal de Sun Fact", absent ce week-end, et qui devrait incessamment reprendre du service

Donc, vous pouvez toujours continuer à cliquer le matin, à votre réveil et le soir avant le boogy woogy de vous mettre au lit


Dimanche 1er novembre 2009 - 20h30 (23h30)

Ce soir, je n'ai pas envie de médire, surtout que j'ai déjà dit qu'on ne fait pas d'un chimiste un expert en communication. Je ne veux pas rajouter que d'un chimiste on ne fait pas un grand informaticien Mais remarquons quand même que les serveurs Linux sont kaputt, alors que pour le tableau de l'état des serveurs, tout va bien, madame la marquise C'est qu'apparemment il tournerait au ralenti, du fait de l'installation des serveurs prévus dans cette news du 13 octobre. Je l'ai appris fortuitement, par une petite phrase qui relevait plus de l'anodin, de la conversation de bistrot... Z'auraient quand même pu nous prévenir, plutôt que de nous laisser dans l'expectative, ou bien nous dire, là, maintenant, ce qu'il en est. Ah mais oui... j'oubliais... y z'ont pas de communicateurs

En attendant, je dois bien avoir une dizaine de clients nux en carafe, sinon plus, impossible d'envoyer les résultats ni de récupérer une nouvelle wu. Et lorsqu'il y en a un qui réussit à passer à travers maille, c'est du core a1. Ma pauvre livebox va souffir lorsque ça va se débloquer... si ça se débloque un jour


Dimanche 1er novembre 2009 - 6h30 (9h30)

Habituellement, c'est chaque lundi que je démarre sur une nouvelle page pour "Les Indicateurs Statistiques FAH" et le présent titi journal. Mais comme c'est le 1er jour du mois, autant tourner carrément la page du mois précédent.

Deux "grosses" équipes sont au coude à coude, Zebulon et France :



57335 petits points, sur 128 millions, séparent ces deux équipes. Et si les productions journalières de chaque équipe restent ce qu'elles sont, l'équipe France grimpera sur la première marche du podium dans 1 ou deux jours.

Si on jette un oeil rapide à la structure interne de ces deux équipes (Zebulon - France), on pourrait penser immédiatement que les deux structures sont quasiment identiques : 34-35 membres à ce jour pour chacune d'elle, un seul gros producteur qui tire le chiffre vers le haut et dont tout dépendrait. S'il est en forme, tout baigne pour le mieux, s'il chute, tout l'édifice s'écroule.

Pour l'instant, tout semble indiquer que le challenger est en position favorable. Oui... momentanément car une analyse plus fine ne donne pas le challenger gagnant, sauf sur une période très très courte. Et cela pour trois raisons :

- Un producteur de 80K journalier, OlivierZ, est absent de la Zebteam depuis quelques jours. Nul doute que lorsqu'il reviendra, les pronostics s'inverseront immédiatement.
- Le plus gros producteur de la team France est survitaminé, pour la raison que l'on sait, mais lorsque tout le monde bénéficiera des mêmes vitamines les membres de l'équipe Zebulon seront largement avantagés, de part la répartition appropriée de ses clients.
- Et le facteur qui tue en faveur de Zebulon : un producteur de 40K (que je ne nommerai pas devrait intégrer l'équipe, le jour de son anniversaire folding (22 novembre). La condition de son intégration est simple : une coéquipière (que je ne nommerai pas également ) a promis de danser sur une table, et, évidement tout le monde est tout excité en attendant le spectacle

Hier, j'ai parlé d'une annonce que je devais faire aujourd'hui. Finalement, je la reporterai à demain matin.







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