C'est une extension de projet qui utilise des modèles de solvatation implicite pour BBA5 aux fins de comparaison avec des simulations explicites. Ce projet permettra de déterminer si l'eau implicite plie des protéines avec les mêmes propriétés cinétiques que les molécules d'eau explicite. Si cela se vérifie, d'autres simulations pourront être considérablement accélérées, sans sacrifier la précision.

Client : PS3
Nombre atomes : 386
Preferred deadline : 33 heures (1,40 jour)
Final deadline : 4 jours
Points : 340





Note de cobra : Le modèle "solvatation explicite" prend en compte la modélisation des molécules d'eau qui interagissent avec les éléments de la protéine, alors que le modèle "solvatation implicite" s'affranchit de la présence d'eau. Les simulations avec modèle explicite nécessitent un temps de calcul énorme. Afin de réduire ces temps de calcul, le modèle implicite est privilégié mais, dans le but d'arriver sensiblement à la même précision de résultat, les chercheurs triturent les valeurs des paramètres du solvant implicite (salinité, acidité, pH, température, polarisation, etc...). Quoi qu'il en soit, en fonction du degré de précision recherchée, les chercheurs utilisent des modèles à différents niveaux, qu'ils soient explicites ou implicites.


Stanford - Texte original

"This is a follow up project using implicit solvation models for bba5 for comparison with explicit simulations. This project will tell whether or not implicit water folds proteins with the same kinetic properties as explicit water molecules. If it does other simulations can be drastically sped up without sacrificing accuracy."