Les Projets 3469 et 3470 sont des simulations GPU, respectivement du FS peptide et du C-terminal de la protéine G. Ces simulations font partie de notre grand projet pour tester les paramètres optimaux de simulation du modèle de solvatation de Generalized Born. Jusqu'à présent, la plupart de ces tests ont été exécutés sur la PS3, mais maintenant nous sommes dans la phase finale de faire une analyse plus fine de la gamme de paramètres que nous pensons être la meilleure. Nous tenons également à exécuter ces simulations sur les GPU afin de valider les résultats obtenus sur PS3.


Client : GPU
Nombre d'atomes : 247
Preferred deadline : 6 jours
Final deadline : 9 jours
Points : 445
Serveur : http://171.67.108.21:8080




Note de Cobra : Notre corps est composé d'eau pour une proportion d'environ 65-70 %. Nos organes "baignent" donc, ainsi que les cellules dont certaines peuvent même contenir jusqu'à 95 % d'eau. Il va de soi que les expériences à l'échelle moléculaire tiennent compte de ce facteur. Cette "eau" utilisée et/ou simulée dans les expériences est appelée "solvant", du fait de cette qualité, une eau dont les propriétés "naturelles" sont quelque peu modifiées pour jouer sur la salinité, l'acidité, le pH, la température, la polarisation, etc. Lorsque la simulation tient compte des interactions connues en présence de molécules d'eau, on parlera de "solvant explicite" et lorsqu'on s'affranchira plus ou moins de ces contraintes, aux fins de rapidité de calcul, on parlera de "solvant implicite". Les deux méthodes sont des approximations mais celle du "solvant explicite" se rapproche le plus de ce qui se passe dans la réalité. Des logiciels de plus en plus pointus et améliorés tentent d'éviter de longs calculs fastidieux tout en essayant d'arriver aux mêmes résultats. Generalized Born est l'un d'eux et décrit efficacement l'électrostatique de molécules dans l'environnement de l'eau.


Définitions et explications

- Protéine G


Stanford - Texte original

"Projects 3469 and 3470 are GPU simulations of the Fs peptide and C-terminal hairpin of protein G, respectively. These simulations are part of our grand plan to test for optimal simulation parameters for Generalized Born solvation model. Up until now, most of these tests have been run on the PS3s, but now we are in the "end game" of doing a finer scan of the parameter range we think are the best. We also want to run these on GPUs to as a redundancy check on the PS3 results."