Les projets 4534-4699 concernent de petits fragments peptidiques, choisis pour participer à notre collaboration avec le laboratoire "Dill Lab" sur un projet à grande échelle de repliement des protéines. La question clé est la suivante : que pouvons-nous apprendre d'important sur tout ce qui concerne les chemins de repliement, à partir de petits fragments de protéines, et leurs assemblages ?

Quick FAQ :

En quoi ces unités de travail sont-elles différentes de celles des projets 4516-4533 ?
Elles sont différentes en ce sens qu'elles ont un bonus plus important (x2.0 au lieu de x1.5). A partir de maintenant, les nouveaux projets 45xx auront le bonus 2.0, reflétant l'urgence et la haute valeur scientifique de ces simulations.

Pourquoi ces unités de travail fonctionnent-t-elles avec -advmethods ?
Ces WUs iront directement à ceux qui gèrent avec -advmethods. Afin de récompenser les utilisateurs pour leur participation à ce projet passionnant, nous allons allouer un bonus de x1.5 x2.0 aux points attribués. Où est le piège ? Ces projets seront moins rigoureusement testés en version bêta, donc il y aura un risque accru d'erreurs Early_Unit_End. Nous pensons que le risque est mineur (il y aura probablement un taux plus élevé de Early_Unit_End, surtout très tôt dans le calcul, mais nous ne nous attendons pas à ce que les machines clientes deviennent moins stables, de manière significative). Toutefois, si vous ne souhaitez pas participer à ce projet, supprimez simplement le paramètre -advmethods de votre client.

NOTE : Ces WUs iront directement à des clients classiques fonctionnant avec -advmethods. Les clients non classiques (par exemple, SMP, GPU, PS3) ne seront pas concernés, étant donné que l'ensemble de ces calculs seront diffusés via le noyau AMBER et seul le client classique supporte ce noyau. Cela ne durera pas indéfiniment et on reviendra probablement à l'usage normal de l'advmethods dans quelques mois.  Cela dit, nous prévoyons d'autres utilisations pour -adv à l'avenir.

Pourquoi ces petites unités de travail ont-ells des deadlines si courtes ?
Ce sont des fragments peptidiques dont la simulation nous intéresse pour un projet collaboratif urgent, et un turn-over rapide est exigé pour certains. D'autres WUs à deadlines plus longues sont disponibles.

A combien de points devrais-je m'attendre pour un numéro de projet particulier ?
Les numéros de projets 4500-4699 ont été réservés pour ces simulations de fragments, qui varient en taille, exécution et durée des séquences (8, 12 et 16 résidus). Chaque numéro du projet se compose d'un nombre de séquences de même longueur, chacun ayant à peu près le même nombre d'atomes. Les points ont été attribués selon les règles suivantes :

    * 4.7 pts/(ns simulation) for 8-mers (x 2.0)
    * 8.47 pts/(ns simulation) for 12-mers (x 2.0)
    * 11.93 pts/(ns simulation) for 16-mers (x 2.0)

Ces règles sont tirées de l'analyse comparative des données à travers différents fragments (8 - 12 - 16 résidus). Parce que chaque projet comporte un certain nombre de séquences peptidiques différentes, chacun avec un nombre légèrement différent d'atomes, il faut s'attendre à une certaine variation dans les points attribués. La moyenne devrait être très proche des valeurs étalonnées.

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Client : Classique
Nombre d'atomes : 128
Nombre de résidus : 8
Preferred deadline : 8,50 jours
Final deadline : 12,80 jours
Points : 47


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Stanford - Texte original

Projects 4534-4699 are short peptide fragments, designed to connect with our collaboration with the Dill Lab on a large-scale protein folding project. The key question is this: How much can we learn about folding pathways from small protein fragments and their assemblies?

Quick FAQ:

How are these work units different from projects 4516-4533?
They are different from 4516-4533 in that they have a higher point bonus (x2.0 instead of x1.5). From now on, new 45xx projects will have the 2.0 bonus, reflecting the time-sensitivity and high scientific value of these simulations.

Why are these work units running on -advmethods?
These WUs will go directly to those running with -advmethods. To reward users for participating in this exciting project, we will be giving a x1.5 x2.0 bonus in the points awarded. What's the catch? These projects will be less rigorously beta tested, so there will be an increased risk of Early_Unit_End errors. We believe the risk of this is minor (there will likely be a higher rate of early unit ends, especially very early in the WU, but we do not expect client machines to become significantly less stable). However, if you do not wish to participate in this project, just remove the -advmethods setting from your client.

NOTE: These WUs will go directly to the classic clients running with -advmethods. Non-classic clients (eg SMP, GPU, PS3) will not be affected, as all of these calculations will be run via the AMBER core and only the classic client supports the AMBER core. This will not last forever and will likely go back to normal -advmethods usage in a few months. With that said, we do plan other uses for -adv in the future.

Why are these work units so short with quick deadlines?
These are peptide fragments which we are interested in simulating for a time-sensitive collaborative project, and some require a very rapid turn-around time. Other WUs may run longer.

How many points should I expect for a particular project number?
The project numbers 4500-4699 have been reserved for these fragment simulations, which may vary in system size, runtime and sequence length (8, 12 and 16 residues). Each project number consists of a number of same-length sequences, each with very nearly the same number of atoms. Point credits have been assigned according to the following rules:

    * 4.7 pts/(ns simulation) for 8-mers (x 2.0)
    * 8.47 pts/(ns simulation) for 12-mers (x 2.0)
    * 11.93 pts/(ns simulation) for 16-mers (x 2.0)

These rules are derived from benchmarking data across many different 8-mer, 12-mer, and 16-mer fragments. Because each project contains a number of different peptide sequences, each with slightly different numbers of atoms, expect some variation in the points awarded. The average should be very close to the benchmarked values.

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Vincent Voelz
Pande Lab