Cet ensemble de projets⁽¹⁾ est assigné au core d'ATI GPU2. Nous étudions la "Villin headpiece Subdomain" (en photo), le monomère du répresseur lambda, et le domaine Fip35 WW. Chacun d'eux est fréquemment étudié dans les expériences explorant le repliement des protéines. L'utilisation du GPU2 pour la simulation de ces molécules nous aide, non seulement à tester le core ATI, mais nous permet de mieux comprendre les résultats expérimentaux publiés.

Les projects 4708, 4709, 4710 et 4723 étudient les protéines appelées «domaines WW", car elles contiennent généralement deux résidus tryptophane (dont le symbole est W). Ce sont des protéines également très rapides à se replier, mais elles contiennent un pli différent (feuillets bêta) des Villin ou lambda.

Le projet 4732 complète ces simulations sur le "domaine WW".


Client : GPU2
Nombre d'atomes : 544
Preferred deadline : 2 jours
Final deadline : 3 jours
Points  : 244

⁽¹⁾ Projets 4700 à 4799






Note de Cobra : Ces molécules ultra-rapides à se replier ont déjà fait l'objet de nombreux tests et de publications. Les clients classiques, SMP et PS3 se sont déjà adonnés à cet exercice et c'est maintenant au tour du client GPU2, en commençant par le core ATI, dans le but de test de ce noyau et de validation des résultats déjà publiés.


Stanford - Texte original

"This set of projects are assigned to the ATI GPU2 core. We're studying the the villin headpiece subdomain (pictured), the lambda repressor monomer, and WW domain fip35. Each of these is commonly studied in experiments probing protein folding; simulating these molecules using GPU2 not only helps us to test the ATI core but allows us to better understand published experimental results.

Points and deadlines:
projects 4700, 4701, 4702, and 4703: 97 points, deadline 2 days. The wild type villin headpiece subdomain which is believed to fold more slowly than the mutant form in some of our other studies (below).
projects 4704, 4705, and 4705: 100 points, deadline 20 days. The lambda repressor monomer at different temperatures and solvent conditions.
projects 4707, 4714, 4715, and 4730: 98 points, deadline 3 days. A mutant of the villin headpiece which is believed to fold in less than one microsecond (a time scale easily reached in GPU2 simulations). These projects are different temperatures and solvent conditions.
projects 4708, 4709, 4710, and 4723: 182 points, deadline 3 days. These proteins are called "WW domains" because they usually contain two tryptophan residues (the symbol of which is W). They're also fast-folding proteins, but they contain a different fold (beta sheets) than villin or lambda.
project 4724: 177 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4726: 192 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4727: 192 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4728: 192 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4729: 224 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4731: 193 points, deadline 3 days. More WW domain simulations
project 4732: 193 points, deadline 3 days. More WW domain simulations"