Folding@home

Dimanche 27 septembre 2009 - 20h30 (22h30)
Je ne contrôle pas systématiquement chaque jour mes clients. Je fais juste un p'tit sondage éventuellement. Ce matin, j'ai contrôlé tous les SMP Linux dans les VM et il y en avait une demi-douzaine qui glandaient Ben oui, j'aurais dû m'en douter avec le problème serveur que Stanford a eu hier, c'est systématique pour ce genre de clients, à chaque problème serveur, il faut les relancer manuellement.

Sinon, j'ai commencé à rédiger la Newsletter comme ça, dès que j'ai 15 inscrits, je n'aurais plus qu'à appuyer sur le bouton Pour l'instant, j'en suis à 14...


Dimanche 27 septembre 2009 - 5h00 (7h00)
Les stats de JGP Soldat ont perdu la boule aujourd'hui Si vous voyez que vous avez plié double, ne sautez pas de joie, il y a une "ouille" dans le potage... beurk beurk beurk

Par ailleurs et ça n'a peut-être rien à voir mais c'est amusant quind même : "A dada sur min bidet, il a mingé trop d'avoine, quand il court il fait des pets... prout prout prout...".

Petite précision : il n'y a pas l'intention de manquer de respect de ma part ni envers notre dévoué statisticien ni envers Dada, c'est la situation qui est rigolote.


Samedi 26 septembre 2009 - 20h40 (22h40)
Ça n'a pas l'air mais j'ai bossé tout l'après-midi pour FAH et du coup j'ai pas eu ma sieste

J'ai mis les zimages pour les projets 3044 à 3049 avec un beau tableau de tous les domaines, leurs fonction et spécificité. C'est  très intéressant mais comme ce n'est pas très lisible, il faut penser à faire un Ctrl+plus pour grossir et Ctrl+moins pour revenir. Hein ? Y en a qui ne savait pas ça ? C'est pas vrai... jamais vu ça

Et les fiches des projets 3050, 3051 et 3052 ont été réalisées. Cette petite protéine "Villin headpiece" étudiée met à peine quelques millionnièmes de seconde dans la réalité pour se replier, alors que mon plus gros pc doit certainement mettre des dizaines d'années pour calculer la simulation. Et ça me fait penser à l'époque où je m'essayais à la simulation 3D... pfffftttt... pour avoir 5 secondes de rendu, le Mac bi-pro devait mouliner pendant 48 h et si le rendu ne me convenait pas... rebelotte... Après m'être amusé pendant quelques mois, j'ai eu ma claque


Samedi 26 septembre 2009 - 5h10 (7h10)
Le blog de Vijay a frappé pour nous apporter d'importantes informations sur les cores et clients à venir.

1 - Tout d'abord, Vijay nous annonce la mise à disposition, dans un mois ou deux, du fameux client SMP2 tant attendu. L'objectif étant de se débarrasser de l'utilisation de MPI, deux versions seront proposées, l'une toute nouvelle dont le core est basé sur le logiciel de DE Shaw Research et qui donnerait un "Desmond" Core, et l'autre partirait du core actuel mais retravaillé par l'équipe de développement Gromacs.

2 - Une nouvelle technique permettra d'accélérer considérablement les calculs, grâce à une optimisation des algorythmes. Elle sera testée en un premier lieu avec un nouveau core mais serait étendu par la suite à tous les clients, GPU entre autres.

3 - Fah devrait profiter des avancées de sa bibliothèque OpenMM qui fournit les outils nécessaires à la simulation moléculaire. Le code GPU a été réécrit et est conçu pour être rétro-compatible. Il donnera le GPU3.

Que de bonnes nouvelles pour les mois à venir


Vendredi 25 septembre 2009 - 21h15 (23h15)
Voui... je sais, j'ai seulement complété la liste des projets sans en traiter aucun d'eux aujourd'hui... pffffttttt...  Et ça me rappelle une anecdote qui m'est arrivée dans une vie précédente Tous les matins, j'allais dans mon champ, un morceau de bois à la main et, le pointant alentour, je disais tout haut "aujourd'hui, je fais ceci, demain je fais cela, après-demain je finis là...". Et chaque matin, c'était bis repetita "aujourd'hui je fais ceci, demain je fais cela, après-demain je finis là...". Cent ans après, je n'avais pas encore commencé Et heureusement que dans cette vie-ci je m'en souviens ainsi je peux labourer tous les jours un p'tit bout.  Aujourd'hui, j'ai établi le plan, demain je commence à construire Keep folding...


Vendredi 25 septembre 2009 - 7h30 (9h30)
Pendant une petite minute de libre, un petit mot de folding quand même. Depuis que je sais que le projet 2665, parmi d'autres, a permis une première publication sur la grippe H5N1, je l'adoooooore et je n'ai pratiquement qu'eux qui tournent en ce moment sur mes SMP Win.


Vendredi 25 septembre 2009 - 5h40 (7h40)
Si vous avez autant soif que chaud, ne faites pas comme l'âne qui avait autant soif que faim et, ne sachant pas quoi décider, est mort, le malheureux. Prenez exemple sur le chat qui boit l'eau au robinet :


A voir ou revoir et sans modération


Jeudi 24 septembre 2009 - 21h35 (23h35)
Voilà, les liens des projets 3044 à 3049 sont en place et j'en ai profité pour paufiner la traduction Dorénavant on connaît tout sur la construction modulaire des protéines et leurs domaines aux fonctions propres. C'était un travail délicat avec peu de documents compacts.

Demain, je pense pouvoir attaquer un autre projet et en retirer de nouvelles connaissances.


Jeudi 24 septembre 2009 - 6h50 (8h50)
La grande messe annuelle organisée par Intel, IDF 2009, a ouvert ses portes depuis le 22. Les journalistes de PC Inpact qui couvrent l'événement rapportent quotidiennement des séries de photos. Il y en a particulièrement une qui m'a fait flasher et m'intrigue tout autant :



Il ne manque que les vapeurs de carboglace et je la fait trôner dans mon salon

Bon, revenons à un peu plus de sérieux Je n'ai pas mis de liens explicatifs et d'illustrations aux fiches projets publiées hier car les éléments que j'avais pu récolter étaient trop épars. Et comme je n'étais pas satisfait, j'ai continué mes recherches ce matin et là le joli lien que v'là et en Français où tout est clair et concis, pourtant écrit pas des scientifiques. Comme quoi on peut le faire Ne cherchez pas maintenant, je mettrai ce lien sur les 6 projets dans la journée !


Mercredi 23 septembre 2009 - 21h25 (23h25)
OYÉ... j'ai envoyé la série 3044 à 3049 mais pas trouvé d'images/illustrations vraiment intéressantes.

Parfois, je me demande si c'est la même personne qui rédige le descriptif des projets. Il arrive qu'il y ait que dalle (ex. projets 2933-2934) ou avec un descriptif tellement simplifié que ça n'a ni queue ni tête je ne vais pas citer d'exemple sous peine d'être traité de présomptueux et puis, à l'extrême, le descriptif est tellement détaillé avec des mots techniques imprononçables et intraduisibles qu'il n'y a pas d'équivalent en Français Il faut alors bouquiner dur pour tenter de mettre leur patois en bon François


Mercredi 23 septembre 2009 - 5h30 (7h30)
Faut peut-être pas dire mais je suis déçu... et doublement déçu

D'abord, Over blog cale mon Blog Rank à 73-74, la limite fatidique (il faut 75), pour me mettre en "Privilège". Bon, c'est vrai que le pack "Premium", encore au-dessus, ne me coûterait que 50 roros mais je suis comme Louis de Funès, dans l'Avare, j'ai un élastique à mon portefeuille

Pour la deuxième déception, là, il ne faut peut-être pas que j'en parle car on va penser que je veux forcer les gars à faire ceci, à faire cela Alors, bouchez-vous les oreilles, fermez vos tits zieux et tous les capteurs qui pourraient vous permettre de capter Alors valà : un gars expose un problème relativement simple sur un forum dont les membres de l'équipe sont nombreux et... personne pour lui répondre  On sait que je ne suis pas capable de rester muet Je finis donc par m'y coller et avec plaisir. Qu'un forum soit désert car il n'y a pas de questions et donc pas d'aide à apporter, je suis prêt à comprendre mais qu'on ne se précipite pas pour aider un coéquipier, je comprends moins.  Valà c'était ma petite déception du jour Mais j'en ai largement profité pour replacer mon blog


Mardi 22 septembre 2009 - 20h50 (22h50)
La journée mondiale Alzheimer, hier, m'a rappelé les deux premiers projets en cours dont l'étude porte justement sur cette maladie. J'ai rajouté aujourd'hui une note perso pour rappeler la gravité de cette maladie et l'urgence des moyens à mettre en place pour aboutir à un remède curatif inexistant à l'heure actuelle.

Et j'ai également fait les fiches des trois projets BigAdv. "j'ai fait... j'ai fait" C'était un copier-coller d'autres fiches avec une bafouille spéciale pour ces big big avec liens pointant sur Fah-addict.

J'ai regardé les textes originaux des autres projets à finir et je sens que je vais m'amuser mais je crois bien que je vais momentanément en sauter certains


Mardi 22 septembre 2009 - 5h50 (7h50)
Ce matin, en entrant dans ma pièce informatique, mon regard a été attiré par un engin tout noir, un noir lustrant d'un brillant éclatant. Mais qu'est-ce donc ? En regardant de plus près, j'ai reconnu ma PS3 Vingt dieux, ça devait faire un bon mois que je n'avais pas vérifié si elle continuait à tourner. Je la branche à la petite télé 33 cm, je bouge la manette, et, oh my god, elle se réveille... de son écran de veille et je vois les calculs, là, en temps réel, en train de se poursuivre sous mes petits zieux ébahis  2912ème unité en cours de calcul, le record certainement archi battu car depuis avril 2007, elle n'a pas cessé de tourner en h24


Lundi 21 septembre 2009 -21h00 (23h00)
Ce matin, j'ai fini le titi journal en disant que j'oubliais un truc et ce n'était pas une blague car si cela avait été le cas, elle eut été de très mauvais goût.

Aujourd'hui 21 septembre, c'est la journée mondiale Alzheimer. Au rythme de la progression actuelle de cette maladie, d'ici 2020, un Français sur quatre de plus de 65 ans en souffrirait. Et ce chiffre n'inclut pas "les deuxièmes victimes", c'est-à-dire les proches des malades.

En farfouillant sur le net, j'ai retrouvé cette vidéo publicitaire de France Alzheimer réalisée dans le but de faire prendre conscience de l'extrême gravité de cette maladie neuro-dégénérative. Mais elle a été retirée suite à des pétitions. Je ne connais pas les tenants et les aboutissants de l'affaire, mais les situations exposées dans le spot sont courantes et souvent bien pires. A part la phrase de fin qui pourrait faire penser à une blague, pour ceux qui ne connaissent pas cette maladie, et qui dénote (à mon avis), c'est la dramatique réalité.


Lundi 21 septembre 2009 -7h05 (9h05)
Pour ceux qui se sont inscrits à la Newsletter avec notification de publication de chaque article, vous avez dû recevoir deux notifications ce matin, c'est normal, étant donné que, le lundi, je démarre une page toute vierge pour "Les Indicateurs Statistiques FAH" et pour ce présent petit journal.

Les flèches des indicateurs clignotent... un coup rouge... un coup vert... un coup rouge... un coup vert... heu quand je dis vert, je veux dire bleu Mais pourquoi est-ce que je n'ai pas utilisé la couleur verte, en fait, au lieu du bleu... ? Cherchez pas, vous ne trouverez pas C'est tout simplement que je ne voudrais pas m'emmêler les pinceaux, le matin, en peignant mes flêches ...daltonien, le rouge et le vert ne font pas bon ménage...

Bref, tout ce discours pour dire que les stats, en terme de nombre de membres actifs, ne sont pas mirobolantes, ça stagne, pour l'AF. Par contre, au niveau mondial, globalement, ça progresse.

Sinon, je crois bien que j'avais un autre truc à dire mais, à papoter sur cette histoire de couleurs, j'ai perdu le fil