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Ces projets(1) utilisent le nouveau noyau de ProtoMol. Protomol 3.1 implémente une méthode, appelée "Normal Mode Langevin" (NML), pour accélérer la dynamique à long terme des protéines. L'utilisation de NML permet des pointes d'accélération de centaines de fois supérieures par rapport aux méthodes habituelles de dynamique moléculaire. Cette méthode recherche systématiquement les directions basse fréquence en utilisant une analyse en mode normal, et projette le mouvement de la molécule en suivant ces directions, tout en réglant le mouvement quasi-instantanément. Pour davantage de détails, voir la pré-publication "Sweet al. al., J. Chem. Phys., 2008, Vol 128, pp. 145101".

Les objectifs de ces projets sont de trois ordres :

    * Valider NML en simulant le repliement et la dynamique du domaine Fip35 WW
    * Comprendre le rôle des mutations sur le repliement
    * Comprendre l'activation de la Kinase Src, une enzyme qui est impliquée dans l'apparition de certains types de cancer.

Voir http://protomol.sourceforge.net/ pour en savoir davantage au sujet de ProtoMol.


Client : Classique
Nombre d'atomes : 544
Preferred deadline : 44 heures (1,84 jours)
Final deadline : 14 jours (13,79)
Points : 50 (50,56)
Serveur : http://129.74.85.48:8080


(1) Projets 10000 à 10010




Note de Cobra : Le core Protomol était attendu, il est là, et FAH-Addict informe de ses particularités de comportement, le long du traitement sur nos ordinateurs, d'après le texte original du blog de Vijay.



Texte original - Stanford

"These projects use the new ProtoMol core. Protomol 3.1 implements a method for accelerated long-time dynamics of proteins, called Normal Mode Langevin (NML). Using NML allows for speedups of hundreds over plain molecular dynamics. The method repeatedly finds the low frequency directions using normal mode analysis, and projects the motion of the molecule along them while resolving the nearly instantaneous motion. See Sweet et. al., J. Chem. Phys., 2008, Vol 128, pp. 145101 preprint for more details. The goals of these projects are threefold:

    * To validate NML by simulating the folding and dynamics of the Fip35 WW domain.
    * To understand the role of mutations on folding.
    * To understand the activation of src Kinase, an enzyme that is involved in the onset of some kinds of cancer.

See http://protomol.sourceforge.net/ for more about ProtoMol."