Folding@home

Le projet 6318 est pour le client Folding@home "classique".

Le domaine SH3 est une molécule que l'on trouve dans des systèmes biologiques nombreux et variés. Il fait généralement partie d'un plus vaste complexe qui permet d'intégrer des signaux cellulaires. Sa fonction principale est de moduler et de réguler la signalisation en liant de façon transitoire une certaine catégorie de motifs de polyproline. La spécificité des différentes formes de SH3, pour certains motifs peptidiques, peut varier considérablement, et de grandes connaissances dans les réseaux de signalisation cellulaire pourraient être acquises par la prévision informatique des affinités de la "sequence-dependent".

Ces simulations sont conçues pour tester une nouvelle méthode d'échantillonnage, que nous avons développée, appelée "Multi-Scale Fragment Potential" (MSFP). En MSFP, le problème du calcul de la façon dont une chaîne de peptides se lie à la surface d'un récepteur se décompose en plusieurs parties qui peuvent être efficacement parallélisées. Au lieu de simuler l'interaction entre une grande chaîne de polypeptides et un récepteur, nous brisons la chaîne peptidique en petits fragments, et, de manière exhaustive, scannons la surface du récepteur pour construire un potentiel de force moyenne pour chaque fragment. Grâce à cette information chimique détaillée, nous utilisons alors un modèle de chaîne à grains grossiers pour échantillonner la conformation du peptide et l'espace de séquence.

Les simulations de ces projets concernent les fragments d'un seul acide aminé ancré le long de la surface de la protéine test, Abl du domaine SH3. Ces essais nous permettront de tester certaines des hypothèses fondamentales de la méthode MSFP.


Client : Classique
Nombre d'atomes : 15097
Preferred deadline : 36 jours
Final deadline : 52 jours
Points : 336

Note de Cobra : Ce projet une une extension de ceux de la série 6313-6316. La description est donc identique.


Stanford - Texte original

"Project 6318 is for the 'classic' Folding@Home client.

The SH3 domain is a molecule found throughout many diverse biological systems. It is usually part of a larger complex that helps to integrate a cellular signals. Its main function is modulate and regulate signaling by transiently binding a certain class of polyproline motifs. The specificity of different forms of SH3 for certain peptide motifs can vary widely, and great insights into cellular signaling networks could be gained by computational prediction of sequence-dependent affinities.

These are simulations designed to test a new sampling method that we have been developing, called the multi-scale fragment potential (MSFP) method. In MSFP, the problem of computing how a peptide chain binds to a receptor surface is broken down into parts that can be efficiently parallelized. Instead of simulating the interaction between a large polypeptide chain and a receptor, we break the peptide chain into small fragments, and exhaustively scan the receptor surface to construct a potential of mean force for each fragment. Using this detailed chemical information, we then use a coarse-grained chain model to sample peptide conformation and sequence space.

The simulations in these projects are of single-amino fragments anchored along the surface of test protein, Abl SH3 domain. These tests will let us test some of the fundamental assumptions of the MSFP method."